Gakuen After Alice, une académie pas comme les autres... Elle a bien changé depuis ses débuts. Vingt ans après le départ de Mikan de l'académie, l'école continue d'exister avec de nouvelles règles, un nouveau fonctionnement et un campus rénové et réhabilité avec de nouveaux bâtiments !

Mais qu'est ce qu'un alice ?
Un Alice est un don « magique » que possède une personne. Le nom vient de Adalhaid qui signifie « noble et région », soit l'avenir de l'humanité pour le gouvernement qui les cache par peur et les utilise dans une admiration malsaine !
Mais ce secret le sera-t-il longtemps ?

Pour l'instant les alices sont cachés et éduqués dans cette école au japon mais la confrérie Alpha, divisée en deux branches, l'ordre et le chaos, plane au dessus d'eux comme un oiseau de proie, sans compter les anti-alices qui se battent contre l'académie.

Cette paix fragile va-t-elle finir par être détruite ?

Et vous que serez-vous, simple élève alice, professeur ou personnel de l'académie ?

Serez-vous de ces Alphas ? Pour l'ordre, le chaos ? Ou bien anti-alice ? Ou encore neutre ?